提取出梦幻的睫毛DNA后，制造出了能够使用念力的强大神奇宝贝超梦。超梦是一种人工创造的神奇宝贝，它是通过克隆而产生的。在新岛附近出现梦幻的同时，超梦正通过与自己的克隆体展开战斗来测试它们作为克隆宝可梦的能力。
超梦摧毁了自己的实验室后，火箭队首领坂木利用超梦的能力，声称要帮助它控制自己的力量。然而实际上，坂木将超梦当作武器来利用。超梦摆脱了坂木的控制后，开始质疑自己的存在，并决定向自己的创造者复仇。为了实现这个目标，超梦邀请了一些宝可梦训练家，包括电影主角小智，来到他的岛上，并计划克隆他们的宝可梦。一旦计划成功，局势逐渐升级：原身和克隆体之间进行激烈的战斗，超梦则与梦幻展开了一场决战。
小智为了平息战斗而牺牲自己，随后又被复活了。看到小智为了阻止原身和克隆体之间的战争而变成石像，交战双方流下眼泪的情景感动了超梦，它意识到不论是原身还是克隆体都是真正的生命。因此，超梦放下了仇恨，抹除了小智等人的记忆，并带领着克隆体同伴展开了寻找新家园的旅行。
