首节：黄巾起义初战。主人公召集了20名小兵前往商人处申请剿灭敌人的任务。在前往建业的街头，他们遇到了匪徒，经过一场胜利的战斗后，他们遇到了建业的商人。商人告诉他们整个天下都陷入了混乱，黄巾起义愈演愈烈，商人的兄弟也被绑架了。为了解救商人的兄弟，主人公开始了他的起义之路。
第二节：再战黄巾。在商人那里接到张宝的任务之前，主人公先召集了50名士兵来壮大兵力。之后，他们接受了任务并得知黄巾军已经占领了一个村子，需要主人公帮助证明黄巾的存在，带领商人的10名战士，伪装成路人夺回村庄。
第三节：前往水乡。商人即将离开城市，向主人公透露宝玉有着重大的来历，并建议主人公去水乡找水镜先生了解详情。他们来到水乡，并在村庄的最深处找到了水镜先生。水镜先生对宝玉的出身产生了质疑，决定让主人公与水镜的弟子楚云进行一对一的战斗来证明自己的实力。
第四节：寻找四宝玉和有缘人。从水镜先生那里得知，宝玉是南方朱雀宝玉的守护者，而张角并不是真正掌握宝玉力量的人。水镜先生告诉主人公，为了天下苍生的利益，他需要找齐四个宝玉和有缘人，并再次回到水乡向水镜先生复命。
第五节：击败张梁，拯救从军商人。楚云加入后，地图上会出现张梁的军队，击败他们后，一些从军的商人会加入主人公的队伍，这样他们就可以在战后贩卖物品了。还有一个支线任务：建业酒馆，在主线剧情结束后，将出现左慈和孙策吵架的情节，非常有趣。主人公会帮助左慈在比武场打败孙策，然后答应带着左慈私奔到一个世外桃源，故事还在继续。
