WAV是一种无损音频格式，其音质可以媲美CD。而FLAC则是一种对WAV进行无损压缩的格式，其体积只有WAV的一半多，非常适合储存。当FLAC文件进行还原后，音频的MD5值与原始的WAV文件相同，所以它们都可以被认为是无损音乐格式。在常见的无损音乐格式中，除了APE、WAV外，还有FLAC这三种类型。
FLAC和WAV之间主要有以下区别：首先，它们在解析方面存在差异。FLAC和WAV都是无损压缩格式，也就是说在FLAC编码压缩后的音频文件中不会丢失任何信息，将FLAC文件还原为WAV文件后，二者的内容是完全相同的。其次，WAV格式由于容量较大使用起来不太方便，而FLAC则能够解决这一问题，因为它体积较小。此外，WAV作为最接近无损的音乐格式，其文件大小相对较大。对于大多数情况来说，经过压缩后得到的APE文件通常会比压缩为FLAC文件略微小一些。最后，容错能力方面，WAV文件的容错性较差，而FLAC文件则因为每帧数据之间无关联，所以当FLAC文件在传播过程中受损导致某帧数据损坏缺失时，只会损失该帧的音频信息，而不会对前后的数据产生影响。这正是FLAC的优势所在，但由于这一特点，FLAC的压缩率略低。
