海洋保护区的概念最早于1962年世界国家公园大会首次提出。它是指依照法律对特定海域、海岸、河口湿地、岛屿以及其他需要特殊保护的海域的一定面积，进行特殊保护和管理，以保护海洋自然环境和自然资源为目的的区域，又称为海洋自然保护区。
海洋保护区的定义有很多种，有些把它看作是纯粹的水域保护区，也有些将其包括在一定陆地区域的海岸带保护区中。同时，有些海洋保护区是严格的海洋自然保护区，还有一些则是不同类型的海洋管理区。
为了指导各国海洋保护区的建设，国际自然保护联盟给出了关于海洋保护区的定义：“海洋保护区是通过法律程序或其他有效方式，对其中部分或全部环境进行封闭保护的潮间带或潮下带陆架区域，包括其上覆水体及相关的动植物群落、历史及文化属性。”这个定义涵盖内容广泛，包括各种类型和规模的海洋保护区，只要符合国际自然保护联盟的保护区目标即可。
