酶的作用机理是通过降低反应活化能来促进化学反应。在任何化学反应中，反应物分子需要达到一定的能量阈值，即活化状态，才能发生变化并生成产物。活化能是指提高低能分子达到活化状态所需的能量。催化剂的作用主要在于降低反应所需的活化能，使较少的能量可以促使更多的分子进入活化状态，从而加速反应的进行。酶能够显著地降低活化能，因此具有高效的催化效果。
以将肝脏研磨液加入过氧化氢溶液中的实验为例，可以明显地观察到酶降低反应活化能的效果，使反应速度提高了上百万倍。与无机催化剂相比，酶更加有效地降低活化能，因此具有更高的催化效率。形成酶底物复合物（ES）改变了原本反应的路径，大大降低了底物的活化能，从而加速反应的进行。
