秦汉时期，宝应县的建立源于东阳、射阳、平安三个县的分割。然而，在后来的动乱时期，宝应县经历了多次更名。南齐时期，宝应县并入了安宜县，这个名字一直沿用到唐朝。据记载，在唐朝上元三年，一位尼姑在宝应县境内找到了名为“八宝”的宝物，她将宝物献给了皇室。那个时候，正好是“安史之乱”平息后，唐肃宗视这件宝物为定国之宝，于是将土元三年重新定为宝应元年，并将安宜县更名为宝应县。
明朝时，宝应县隶属于高邮州；清朝时期，它成为扬州府的一部分；民国时期则先后隶属于淮扬道、淮阴行政督察区。建国初期，宝应县先后归属于苏北行政公署扬州、泰州专区。到了1953年1月，宝应县成为江苏省扬州专区的一部分。最后，于1983年3月，宝应县实行市管县体制，隶属于扬州市。
