鉴于蛋白质表面离子化侧链的存在，导致蛋白质具有净电荷。每一种蛋白质都存在一个特定的pH值，使其表面净电荷为零，即所谓的等电点。在等电点时，蛋白质以两性离子形式存在，其净电荷为零（即正负电荷相等）。此时，蛋白质分子在溶液中不会因为相同电荷的相互排斥而聚集在一起，蛋白质分子之间的相互作用力减弱。因此，在这种情况下，蛋白质颗粒更容易发生碰撞和凝聚，从而形成沉淀物。因此，蛋白质在等电点时溶解度最小，最容易生成沉淀。此外，等电点还会减小许多物理性质，如黏度、膨胀性和渗透压等，从而有利于悬浮液的过滤。与等电点相反，其他pH值下的蛋白质具有净电荷，可以使用电泳和离子交换层析等技术来分离和纯化蛋白质。等电点沉淀法主要用于蛋白质和两性电解质的分离和提纯，同时也可应用于大豆异黄酮的分离。通过等电点沉淀法去除蛋白质，可以提高异黄酮制品的纯度，异黄酮截留率为7.2%，而蛋白质截留率为91.1%。
