汽车电子油门加速器存在一些不利方面，包括增加油耗、油门控制困难和潜在安全隐患。首先，使用电子油门可以提高油门的敏感度，使车辆起步更迅猛。然而，由于功率和油耗成正比，这会导致汽车的相对油耗增加。其次，安装电子油门可能会导致油门控制不良。虽然电子油门的安装相对简单，但需要移除原有的油门踏板，并串联电子油门控制元件。在手动挡车辆上，加速后对油门的控制变得过于敏感，需要更精确的油门控制才能实现之前的效果。这与离合器的深度对起步平稳性的影响非常相似。深离合器可以更好地控制车辆起步，但操作行程较大；浅离合器的操作行程较短，但控制较为困难。最后，使用电子加速器会存在一定的安全隐患。所有的油门信号都需要通过电子油门传递给发动机控制单元（ECU），电子油门还具有过滤原车油门信号的功能。因此，如果电子油门质量不好，一旦发生故障，驾驶员将无法对油门进行控制，从而带来潜在的安全风险。
