农村土地承包经营权的办理程序包括以下步骤：
首先，承包方在土地承包合同生效后，填写农村土地承包经营权登记申请书，并提交给土地所在乡(镇)人民政府的农村经营管理部门。
其次，乡(镇)人民政府农村经营管理部门对发包方和承包方的资格、承包程序、承包期限、土地用途等进行初步审查，并在农村土地承包经营权登记申请书上签署初审意见。
然后，承包方凭乡(镇)人民政府初审通过的农村土地承包经营权登记申请书，向县级以上人民政府申请农村承包经营权证登记。
接着，县级以上地方人民政府农业行政主管部门对登记申请进行审核。如果申请材料符合规定，将编制农村土地承包经营权证登记簿，并向同级人民政府申请颁发农村土地承包经营权证书。如果申请材料不符合规定，会书面通知申请人进行补正。
最后，乡(镇)人民政府农村经营管理部门在领取农村土地承包经营权证后的30个工作日内将证书发送给承包方。发包方不得保留承包方的农村土地承包经营权证。
