1、治理土壤污染是一项困难重重的任务，需要耗费大量人力、物力和财力，并且不一定能够取得显著效果。
2、土壤污染的分布不均匀，有机污染物的堆积和填埋导致土壤污染，而这些污染物的分布往往存在差异，导致同一块土地不同地方的污染程度不一致。
3、土壤污染不易察觉，对人体的伤害并不明显，必须通过体检和化验等手段来发现，对植物的伤害也只能通过农作物抽验才能观察到。
4、土壤污染具有积累效应，由于土壤是固态且流动性较差，难以自行净化，因此导致土壤污染的因素会不断积累，对植物、动物和人体造成严重伤害。
5、土壤污染很难逆转，尤其是由重金属引起的污染几乎难以逆转，各种有机污染物导致的污染也很难降解，并且技术手段治理的效果有限，而且治理后的土壤仍然比污染前的土壤差。
