嚏根草常受到蚜虫的侵害，这些蚜虫常出现在花朵和叶片的背面。为了防治蚜虫，可以采用农药或者生物防治的方法。当嚏根草出现蚜虫时，可以通过人工除虫的方式，用手指将蚜虫除去，或者使用清水、肥皂水或者掺杀虫剂的溶液喷洒等方法进行防治。每周可喷洒一次。
蛞蝓常危害嚏根草的嫩芽，有时也会伤害花朵，导致嚏根草的叶片上出现不规则的孔洞。蛞蝓喜欢生活在阴暗潮湿的环境中，且夜间活动较为活跃。如果嚏根草受到蛞蝓的危害，可以喷洒农药进行杀灭，也可以采用生物防治的方法，或者设置诱饵来吸引蛞蝓。此外，定期翻盆换土以消毒土壤也是有效的措施。
在国外，人们常使用安全无毒的方法来防治蛞蝓。比如，将啤酒或香瓜皮放置在容器中，放在这些害虫常出入的地方，或者在植物附近埋设低压电系统，还可以将碎鸡蛋壳放在植物边缘，这些方法都很有效。
嚏根草常见的病害之一是黑斑病。当嚏根草感染黑斑病时，应将所有叶片（不论是否被病菌感染）销毁，以减少土壤中越冬的病菌孢子。此外，在春季孢子开始传播时，应有计划地喷洒杀菌剂，每两周喷洒一次，即使没有发病症状也要进行药剂喷洒。
嚏根草一般不容易感染病毒性疾病，但一旦感染，叶片或花朵可能会出现卷曲变形现象，植株的生长势头也会变弱，容易受到其他病害感染。嚏根草的一种病毒性疾病被称为“黑死病”，病毒会导致叶片变黑，发病仅限于叶脉部位。
对于嚏根草感染病毒性疾病，唯一的防治方法就是将受感染的叶片全部烧毁，以阻止病毒的传播。
