在三叶草中，常见的病害之一就是菌核病。一旦三叶草感染了菌核病，植株会出现斑痕，刚开始时呈浅褐色，之后逐渐变成灰白色。同时，根茎基部也会软腐，长出菌核。轻微感染者，植株会变黄，呈星点状；重度感染者则会导致大片植株萎焉枯死的现象。预防和治理菌核病的方法是首先将感染植株拔起，集中处理以减少病害的传播。在多雨的季节要注意排水，避免积水。其次，可以使用一种常见的化学农药叫做乙烯菌核剂，它能够破裂菌核细胞。
另外，三叶草还常常会受到病毒的感染，尤其是白三叶草。使用药物来防治病毒感染往往效果不佳，因此可以采用种子消毒、土壤处理和杀灭传播昆虫媒介等方法来进行防治。
在虫害方面，三叶草常见的虫害之一是叶蝉。叶蝉是一种吸食叶汁液的害虫，它会在叶背栖息，导致受害植株的叶片退绿，出现小白点。受害较重时，整个叶片会呈现苍白色，降低了观赏价值。防治叶蝉的方法是在4月下旬进行检查，如果发现幼虫，可以喷洒农药进行杀灭。喷药要均匀，覆盖到叶子的正反两面和植株的上下与内外。
另一个常见的虫害是地老虎。地老虎是一种严重危害根芽的虫害，它们会在地下咬断根茎，甚至啃食萌芽，导致大片植株死亡。防治地老虎可以用毒液诱杀，也可以使用呋喃丹颗粒，每亩用量1500-2000克。呋喃丹颗粒的残效期长，施药后7-8周可以避免危害。
最后，还有一种常见的害虫是白粉蝶。每年4至10月，白粉蝶会开始大量繁殖，并在夏季干热少雨的季节，幼虫会将叶片吃光，导致受害植物生长势减弱。防治白粉蝶的方法是在幼虫危害期喷洒青虫菌进行杀灭，也可以在早晨露水未干时撒播2.5%敌百虫粉剂，每亩用量3-4斤，效果相对较好。
