菖蒲这类植物喜欢阴凉湿润的环境，因此相较于土栽，水培更为适合。在室内观赏中，水培是主要的种植方式，只要保证清水不干涸，菖蒲的寿命可以达到数十年。
水培方法主要适用于具有大块老根的菖蒲植株。老根高出泥面并且弯曲如龙的植株效果更好。可以将零散的小株菖蒲聚集在一起，用棕榈皮包裹后放入水盆中。而小株菖蒲的根系比较短，可以用漆包线串联这些植株成团，但要注意不要伤及老根，同时在漆包线上绕几圈来固定。
在种植时，可以根据个人喜好和植株的大小选择中等深度的不漏水的花器。将菖蒲茎段清洗干净，修剪掉老根和过长根。随后，放入高锰酸钾溶液中浸泡2小时以进行杀菌消毒。将卵石放入花器中，将植株固定在花器内，水平面略过根部即可。另外需要注意的是，不要将叶片浸泡在水中，并将植株放置于充足的光线下，避免阳光直射。
在水培菖蒲的后期养护中，除了及时补充水分外，还需定期添加少量花肥来供给养分，以促进植株的生长。菖蒲具有耐寒性，在冬季只需清理枯枝和残叶即可。而在夏季炎热的气候下，需要将菖蒲水盆放置在阴凉处，以避免水分的蒸发和养分的过度消耗。
