提取出梦幻般的睫毛DNA，创造出神奇宝贝超梦，超梦是一种合成的人造宝贝，也就是说它是被克隆出来的。崭新的新岛上出现了梦幻，并与此同时，超梦正通过与自己的克隆体战斗，测试它们这些新克隆的初学者宝可梦的能力。超梦摧毁了出生的实验室后，坂木首领以帮助超梦掌控自身能力为由，说服超梦与他合作。然而实际情况是，坂木是将超梦当成一种武器来利用。在摆脱坂木的控制后，超梦开始怀疑自己的存在，并决定报复制造他的人。为了实现这个目的，超梦邀请了包括电影主角小智在内的几名宝可梦训练家来到自己的岛屿，并计划克隆他们的宝可梦。一旦计划成功，局势变得更加复杂：原生体和复制体们进行战斗以决定谁更优秀，而超梦自己则与梦幻展开一场对决。小智为了平息争斗而牺牲，随后却被复活。超梦看到小智为了阻止原生体和复制体之间的战争而被石化的情景，以及两方流下眼泪，被打动。超梦意识到无论原生体还是复制体都是真实的生命，于是他亲自解除了仇恨，将小智等人的记忆抹去，带领着复制体同伴展开了一段寻找安乐的旅程。
