飞机配备了卫生间供乘客使用，每架飞机上的卫生间数量和大小各不相同，与飞机的机型有关。大型飞机通常配置更多且更宽敞的卫生间，这些卫生间主要分布在客舱的前部和尾部，有些飞机还在客舱中部设置了卫生间。
飞机的卫生间内部一侧设有洗手池和水龙头，使用方法与一般酒店的公共卫生间相同。而卫生间的中央是马桶，马桶盖的正面或反面贴有警示牌，提示乘客不要将纸巾、尿不湿、一次性手套等物品扔入马桶。
一般情况下，当飞机遇到气流颠簸时是禁止乘客上厕所的。然而，为了防止乘客在使用卫生间时受到颠簸的影响，卫生间的侧壁上安装有辅助手柄，乘客可以借助手柄稳定身体，防止摔倒受伤。当乘客在紧急情况下需要协助时，可以按压紧急呼叫按钮，向乘务员寻求帮助。
