终止子和终止密码子之间存在着重要区别。终止子是一种能够终止RNA聚合酶转录DNA序列的特殊序列，它出现在基因的非编码区域，并分布在编码区的上游和下游方向，其作用是调控基因的转录过程。而终止密码子则是在蛋白质合成的过程中出现的信使核糖核酸(mRNA)上的一种三联体碱基序列，用于决定翻译的起始和终止位置。
尽管终止子和终止密码子在表面上看起来相似，但实际上它们是两个完全不同的概念，没有任何共同点。终止子发挥作用于转录过程中，而终止密码子则发挥作用于翻译过程中。
综上所述，终止子和终止密码子之间存在着明显的区别。一个是调控基因的DNA序列，而另一个是在蛋白质合成过程中决定翻译起止位置的mRNA序列。对于理解基因转录和蛋白质合成的过程，区分这两个概念是非常重要的。
