分子被定义为保持物质化学性质的最小粒子，而原子则是化学变化中的最小粒子。元素是指核电荷数（即核内质子数）相同的一类原子的总称。
物质是由分子组成的，它们是能够保持物质化学性质的最小粒子。原子作为构成物质的另一种粒子，质量和体积都非常小，彼此间存在间隔，并且不断地运动。分子与原子都具有种类之分和个数之别，它们之间不呈现电性。分子之间总是有间隙，并且不断运动。
氢原子是所有原子中最简单的，只包含一个电子。而复杂的原子可以含有上百个电子。电子像云一样分布在原子核周围的空间，并且根据几率分布的原因，具有多种形状和伸展方向。因此，可以将分子看作是原子的结合体。
虽然原子是构成物质的最小粒子这种观点是不准确的，因为原子核和核外电子构成了原子，而原子核由质子和中子组成。质子数恰好是区分不同元素的依据。而质子和中子又可以进一步细分。所以，原子不能被视为构成物质的最小粒子，但它确实是化学反应中的最小粒子。
