司法实践中，发票联和抵扣联在概念和用途上存在主要区别。发票联是给购货方作为记账凭证，用于购货方记账；而抵扣联是给购货方作为抵税凭证，用于购货方抵扣税款。具体说，发票联在进账时会记录到账簿中，而抵扣联中的进项税金在认证后可以用于购货方的税款抵扣。抵扣联的认证后可以单独保留。
根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三条的法律依据，发票的基本联次包括存根联、发票联和记账联。存根联由收款方或开票方留存备查，发票联由付款方或受票方作为付款原始凭证，记账联由收款方或开票方作为记账原始凭证。省以上税务机关可以根据发票管理情况和纳税人经营业务的需要，增加或减少除发票联以外的其他联次，并确定其用途。
