黑龙江医科大学设有两个校区，分别是大庆校区和校本部位于哈尔滨市南岗区保健路157号。该大学是教育部首批试办七年制医学教育的学院之一，也是中西部高校基础能力建设工程和卓越医生教育培养计划的重点建设高校之一。此外，它还是黑龙江省的重点高水平大学、省部共建大学和中俄医科大学联盟的主导学院，同时也是黑龙江省高等医学教育研究基地和临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。
哈尔滨医科大学的大庆校区最初是黑龙江鸡西煤炭医学高等专科学校，它座落在大庆市。为了提升学校的综合实力和竞争能力，在大庆市委市政府的支持下，哈尔滨医科大学于2004年3月开始投入资金建设了这个新型校区，并在同年10月正式成立于黑龙江省大庆市。
