《黑松镇》主要讲述特工处探员伊森来到一个乡村小镇寻找两名失踪的联邦探员的故事。伊森在调查的过程中，对这个小镇感到十分怪异。他越深入调查，就越发现了小镇背后隐藏的可怕秘密。事情的发展让伊森不得不面对当地居民的怀疑和妻子的不信任。
一次车祸后，伊森昏迷了一段时间。当他醒来时，发现自己奇怪地躺在一条河边，身上所有的物品都不见了。进入黑松镇后，伊森再次晕倒，被送往医院治疗。出院后，他结识了贝弗利，后者带领他发现了比尔的惨死。之后，伊森还遇到了凯特，凯特向他透露整个镇子都被监视着。
伊森明白了真相后，回家告诉了妻子。然而，令他始料未及的是妻子竟然不相信他，认为他被洗脑了。伊森深知自己的一次危险行动可能会决定人类的存亡，因此陷入了两难的境地。
