在上海飞往日本各大城市的航班都有。首先是位于关东平原南端、东京湾西北岸的东京，作为日本的首都，人口约840万，包括郊区人口超过1189万，是政治、经济和文化中心。东京工业最为发达，以印刷、橡胶制品、皮革制品和精密仪器为主，大部分对外贸易通过横滨进行。
其次是大阪，是日本第二大城市，人口约264万。再往南一点是名古屋，人口约209万，工业发达，年产值仅次于东京和大阪，毛纺织和陶瓷工业居全国首位。
横滨是另一个重要的城市，人口约277万，是日本最大的海港之一，也是东京的外港，其对外贸易额约占全国1/4。同时，对于留学生来说，横滨也是一个重要的留学地点。
京都是一座有着148万人口的历史悠久的城市，曾经是日本的故都，也是一个著名的文化、旅游和工业城市。京都以丝织品、艺术陶瓷器以及其他手工艺品而闻名，是一个体现日本传统风情的旅游胜地。
最后是神户，人口约136万，也是日本最大的海港之一，作为大阪的外港，扮演着重要的贸易角色。
