同一DNA分子中存在一种称为作用元件的特殊DNA序列，具有转录调节功能。根据功能特性可以将真核基因的作用元件分为启动子、增强子和沉默子三类。启动子包括至少一个转录起始点和一个以上的机能组件。增强子是远离转录起始点的DNA序列，能够决定基因的时间、空间特异性表达，并增强启动子的转录活性。增强子的作用方式通常与方向、距离无关，可以位于转录起始点的上游或下游。在功能上讲，没有增强子存在时，启动子通常无法发挥活性；没有启动子存在时，增强子也无法发挥作用。沉默子是一种负性调节元件，当与特定蛋白因子结合时，会阻碍基因的转录。此外，一些基因中还存在抑制子，它们也具有负性调节作用。有些DNA序列可以同时作为正性和负性调节元件，这取决于不同类型细胞中DNA结合因子的性质。
