根据基因分析，蓝玫瑰是一种转基因的花卉品种。科学家利用基因工程技术，将其他花卉中产生蓝色素的基因导入月季花的体内，使得这种新品种的月季花能够大量产生天然的蓝色素。这些蓝色的花瓣可以通过遗传方式传递给后代。不同于蓝玫瑰，蓝色妖姬是一种人工染色的花卉，通常由花店或者工厂将白色或粉色的月季或玫瑰花染成蓝色，并没有基因水平的改变，因此其花朵的蓝色不能通过遗传方式传递给后代。
在生产方式上，蓝玫瑰主要通过种植来进行生产。农业领域中，人们引进纯种的转基因株系种植蓝玫瑰，待其成熟后收获种子，并进行大规模繁殖。而蓝色妖姬的生产方式与蓝玫瑰有很大的区别。工厂或花店直接购买白色或粉色的月季或玫瑰，然后使用着色剂对成花进行染色。
从颜色上来看，蓝玫瑰的蓝色非常自然，鲜艳而娇艳，而且具有较好的色彩稳定性，不易褪色。相比之下，蓝色妖姬的蓝色与所使用的染色剂种类密切相关，不同生产商生产的蓝色妖姬其着色效果差别很大，有些蓝色很浅甚至发黑。这种人工染色的蓝色不仅色彩不自然，而且容易褪色。
在作用上，蓝玫瑰不仅可以作为制药原料用于生产治疗月经不调、痛经等疾病的药品，还可以用于提炼植物精油。从蓝玫瑰花瓣中提取的油具有芬芳怡人的香气，可用于制作香水或化妆品。而蓝色妖姬除了具备观赏价值外，基本上没有其他作用。然而，作为玫瑰界备受喜爱的特殊品种，蓝色妖姬有着独特的人文价值，代表着恋人间纯洁的爱情。至今关于蓝色妖姬的文化作品层出不穷，不仅有书籍和音乐，还涌现出许多以蓝色妖姬为主题的电影。
