一、工作重点不同：中统的主要工作重点在于监控国民党内部情况，而军统则主要任务是收集各类情报、监视军队并进行整治，以及对敌对势力进行逮捕和暗杀。
二、工作领域不同：中统是国民党内部的特务组织，而军统则隶属于军方。
三、外表特征不同：军统成员穿着军装，而中统则作为党内特务组织，成员不穿军装。
四、成立原因不同：中统的成立目的是维护国民党的统治，而军统的成立是为了加强集权。
五、组织形式不同：中统的特务活动遍及全国，而军统局则以局、区、站、组和队的组织形式存在。
中统和军统是中华民国时期两大特务组织。中统由国民党CC系领导人陈果夫、陈立夫控制，是党内特务机构。军统局则是国民政府军事委员会下属的情报机关之一，成立于1938年，是台湾地区情报机关的一部分。1949年，军统主要机构转移到了台湾。中华人民共和国政府对留在大陆的军统进行了清洗工作，在上世纪五十年代中期，大陆基本上清除了军统的影响。
