贯彻落实科学发展观的根本方法是统筹兼顾，这是马克思主义认识论和方法论在中国的具体体现和时代化表达。统筹兼顾的基本前提，是坚持以实际为出发点，准确认识和妥善处理中国特色社会主义事业中涉及的重要关系。这些重要关系主要包括改革、发展和稳定之间的关系，内政、外交和国防之间的关系，治党、治国和治军之间的关系，城乡发展之间的关系，区域发展之间的关系，经济与社会发展之间的关系，人与自然和谐发展之间的关系，国内发展和对外开放之间的关系，中央和地方之间的关系，个人利益和集体利益之间的关系，局部利益和整体利益之间的关系，当前利益和长远利益之间的关系，以及国内和国际两个大局之间的关系等。
