公司变更的程序是：1、《公司变更登记申请书》由公司法定代表人签署；2、股东共同委托书，并提交被委托人的身份证明原件和复印件；3、公司章程修正案；4、正副本营业执照；5、其他相关资料；6、根据登记机关的要求提交的其他文件。
根据《公司登记管理条例》第六十九条的法律依据，公司登记事项发生变更时，如果未按照规定办理相关变更登记，公司登记机关会责令限期登记；如果逾期未登记，则会面临罚款，罚款金额在1万元至10万元之间。
其中，如果变更经营范围涉及到法律、行政法规或国务院决定规定需经批准的项目，但却擅自从事相关经营活动且情节严重的情况下，将会吊销营业执照。
如果公司未按照规定办理备案手续，公司登记机关将责令限期办理；如果逾期未办理备案手续，则会面临3万元以下的罚款。
