申请公司在阜阳市需要办理以下手续：
1. 提交公司注册申请文件：申请人需要准备公司名称、注册资本、法定代表人等相关信息，填写《公司名称预先核准申请书》并递交给市工商行政管理局。
2. 办理营业执照：在初审合格后，申请人需向市工商行政管理局提交申请材料，包括《公司设立登记申请书》、投资者身份证明等。工商行政管理局将在20个工作日内核发营业执照。
3. 缴纳社会保险费：公司设立后，需按规定向当地社保机构缴纳员工的社会保险费，并为员工办理相应社保手续。
4. 税务登记：新设立的公司需向阜阳市税务部门办理税务登记手续。申请人需要准备《税务登记申请表》和相关材料，如办公场所租赁合同、法人身份证等。
总之，申请公司在阜阳市需办理公司注册、办理营业执照、缴纳社保费、税务登记等手续。
