POS机费率是根据银联的统一划分，根据不同行业进行不同的费率划分。支付公司和代理商无权随意设定费率以满足客户的需求。POS机的手续费根据行业分类不同而有所区别。手续费率是按交易金额的百分比进行扣除，根据行业的不同而有所不同。
一般行业的手续费率为1%，而特殊行业（如宾馆、酒店、珠宝、工艺品等）则约为2%左右。大宗交易和批发交易的手续费率有上限，一般为0.5%-1%，单笔交易的封顶金额为20元或50元。商户在清算资金时需要承担手续费，其中70%归发卡银行，10%归银联，剩余部分归收单银行或收单公司。
其他任何不同的扣率（如0.4%、0.8%、1.6%或1.8%等等）都是根据行业类型的不同而设定的，这是全国统一的规定。需要注意的是，POS刷卡费用由商家承担，消费者无需支付任何费用。
