花呗还款有两种形式：自动还款和主动还款。自动还款是指到期还款日当天会扣款两次，由于扣款量的波动，扣款时间可能会有所不同。如果担心还款进度，可以选择主动还款。自动还款的扣款顺序是：首先按照用户设置的支付顺序扣款，如果没有设置支付顺序，则按照余额＞借记卡快捷/卡通（包括网商银行）＞余额宝（需要开通余额宝代扣功能）的顺序自动扣款用于还款已出账单未还部分。需要注意的是：暂时不支持邮政储蓄银行的储蓄卡快捷、卡通代扣；自动扣款是系统默认开通；如果单个渠道内资金足够还清账单，则按照上述顺序扣款；如果单个渠道没有足够的资金，则会优先扣除余额和余额宝内的资金，并且剩余的账单金额不会再从银行卡扣除。
主动还款是通过余额宝、余额、储蓄卡（包括网商银行、卡通、快捷、网银）的方式进行还款。主动还款的流程如下：首先打开支付宝客户端，点击【我的】－【花呗】；然后点击账单下方的【立即还款】进行还款操作。
