云南交投拥有6个独立经营的子公司、8个公路管理处、20个在建和拟建公路项目建设指挥部、3个养护中心、1个机电维护中心以及1个工程检测中心。子公司包括云南云岭高速公路交通科技有限公司、云南云岭高速公路养护绿化工程有限公司、云南云岭高速公路房地产开发有限公司、云南云岭高速公路工程咨询有限公司、云南云岭高速公路桥梁工程有限公司、云南云岭高速公路沿线设施开发有限公司。公路管理处包括昆明东管理处、昆明西管理处、大理管理处、保山管理处、昭通管理处、文山管理处、普洱管理处和红河管理处。公路建设指挥部包括云南大丽高速公路建设指挥部、南武昆高速公路建设指挥部、云南保腾高速公路建设指挥部、云南丽江机场公路建设指挥部、云南楚广公路建设指挥部、云南普宣公路建设指挥部、云南昭会公路建设指挥部、云南待功公路建设指挥部和云南龙瑞高速公路建设指挥部。养护中心包括滇东高速公路养护中心、滇西高速公路养护中心、滇南高速公路养护中心、交通机电工程维护中心，以及公路试验检测中心。此外，云南交投还参与公路文化走廊建设，包括滇西公路文化走廊和滇南公路绿色生态走廊。
